公元365年(晋兴宁三年) ,由于北方战乱，慧远、慧持隧道安南至襄阳。公元377年，前秦兵从北方南下，苻丕占据襄阳。道安在襄阳将门徒分别遣散到各地去宣扬佛法，慧远等南下到荆州，而道安却被苻丕带回长安

慧远南下是政治形势所迫，但到庐山多少带有偶然的成分。原来道安的弟子慧永，也是慧远的师兄，曾与慧远约定，-道去罗浮山(广东博罗、增城二县境内)修行。慧永在前往罗浮山途中，先期到达庐山。公元367年，江州刺史陶范为慧永在庐山西北麓的香炉峰下建造西林寺，慧永就在庐山停留下来了。公元381年(晋太元六年),慧远从荆州抵达寻阳，来会慧永，准备履行拟议中的罗浮之行。

慧永乃邀请慧远同住西林寺，慧远“见庐山闲旷，可以息心”，就在西林寺旁筑龙泉精舍，显然是庐山幽雅清静吸引了他，去罗浮的打算就不再提了。由于西林寺比较窄小，龙泉精舍也很简陋。公元386年，慧永请江州刺史桓伊为慧远另建一座寺院。新寺建在西林寺东，因而命名为东林寺。名刹名僧，相辅相成，东西二林，从此名扬宇内。此后，慧远就一直以东林寺为中心，开展他的佛教和佛学活动。

东林寺选择的位置和地势很好，“正对香炉峰。峰分一枝东行，自北而西，环合四抱，有如城廓，东林在其中，相地者谓之倒挂龙格。”“寺南面庐山，北倚东林山，山不甚高，为庐之外廓，中有大溪，自南而西，驿路界其间，为九江至建昌(今永修县)孔道，寺前临溪，入门为虎溪桥。”这是宋代诗人陆游和明代旅行家徐霞客在当时的描述。现在见到的东林寺周围情景，依然当年风貌。

慧远自公元381年(晋太元六年)到庐山，至公元416年(晋义照十二年)去世，在庐山三十六年。据说他在这三十余年中，“迹不入俗，影不出山”。在东林寺聚集徒众，宣扬佛法，阐发佛理，论赞佛经。他派遣迎远禅师等人，横跨荒漠，逾越葱岭，前往天竺(今印度等地)取经。迎远禅师等返回庐山后，在慧远主持下，将佛经译成汉文，与长安的名僧鸠摩罗什交换经本。慧远还撰写《般若经》序文。前后所着经、论、序、铭、赞、记、诗等，凡十卷，编为《庐山集》。同时，慧远还与达官、显贵、学者、闻人相交往。慧远虽不在朝，却声振退迩，成为南方佛教和佛学中一个重要派别的领袖。

慧远的思想，是主张“内外之道，可合而明”。 “苟会之有宗，则百家同致’。佛教徒把自已信奉的宗教思想叫做内学，将一切非佛教的思想，叫做外道。本来宗教信仰的特点都是排他性的，但慧远却持相反态度，把外来的佛教思想，尽可能与中国诸子百家的思想加以糅合，也就是以佛学为主，和当时在社会上占统治地位的儒、道等家学说融合、渗透，使佛学中国化。慧远的佛学思想，主要是般若学的“本无”说。他把它同道家(当时主要是魏晋玄学)的“本无”说贯通起来，并与他的宗教实践相结合。因此人们称道安、慧远这一派的般若学为“本无宗”。慧远以此为依据，宣扬他的出世主义和因果报应的说教。

所谓出世主义，就是抛弃尘世的一一切，看破红尘，求得精神的超脱。慧远这种出世主义理论，集中反映在他所着的《法性论》一文中。慧远说的法性，就是佛教的所谓最高境界和最后归宿，也就是涅繁。涅檠是佛教希望达到的宗教精神世界。这个所谓涅粲精神世界，是只有快乐，没有痛苦，同现实世界中充满了矛盾、痛苦、灾难，是完全相反的。他认为达到了涅黎，也就实现了法性。这就达到了最高境界，也就是无生无灭、永恒常在、欢乐无涯的境界。它较之道教主张的长生不老和肉体飞升，更为空幻。这个境界是“至极不变”的，也就是必须超出一般世俗 的见解和摆脱世俗的生活， 去与不变的“法性”融合为一，实现涅繁，从而成佛。这是慧远佛学思想的核心，构成为一种唯心主义、虚无主义和神秘主义的思想体系。慧远的思想，都是当时的社会思潮，不过由他集中和丰富起来罢了。

这种“法性”理论，只适宜在知识分子中和上层社会里传布，不容易为广大群众所理解和接受。为此，他把佛教的业报轮国思想，和中国原有的宗教迷信思想结合起来，系统地论证和宣扬因果报应说，作为“法性”论的补充。劝告人们放弃反抗，放弃斗争，多行善事，多积善果，以求得来生的幸福。这就使佛教易于为深受苦难而又缺乏科学文化知识的广大群众所接受，使佛教社会化，从而更加有利于巩固封建地主阶级的统治。

为了超出生死报应，避免轮回之苦，达到涅繁境界，慧远希望死后能转生西方“净土”，长住极乐世界，永远脱离苦海。公元402年(晋元兴元年)，他邀集刘遗民、周续之、毕颖之、宗炳、雷次宗、张野、张诠等学者居士，研讨如何转生西方净土世界的问题。并请当时隐居在庐山的学者刘遗民着《发愿文》，以表示他们度诚的愿望和决心。这篇《发愿文》是一篇宣扬业报轮回因果报应思想和乞求逃避苦难、幻想转生西方净土的杰作。

慧远等人建斋立暂，在东林寺阿弥陀佛像前，共期再生西方。慧远等人创造的来世转生净士，达到西方极乐世界的途径，就是口念弥陀，心注西方，坐禅修定，息心忘知议样一种成佛的方法。这种成佛的方法，比较简而易行，为一般群众所能接受。正如列宁所指出的是“廉价地售给他们享地天国幸福的门票”。这样，慧远阐发的净土宗修行方法，得到较为广泛的流传。在慧远之前，佛教主要是从西方称植过来，照抄照搬，缺乏创造性，主要限于士大夫的范围。从净土宗开始，佛教的各种流派才开始兴盛和发扬起来，提出各种从净士宗开成佛的办法，在社会各阶层中争夺徒众。