晚唐诗人杜牧在《江南春》中它形象地描绘了南朝寺院佛塔林立、佛教兴旺的景象。实际上，整个两晋南北朝都是佛教大发展的时代。产生于印度的佛教，在西汉末东汉初传到了中国。魏晋以后，社会动乱，阶级矛盾、民族矛盾尖锐，现实生活的苦难成为宗教滋长的土壤。在当时社会条件下，被剥削阶级和剥削阶级都容易接受佛教。佛教宜扬的思想与儒家传统思想不同。儒家宣扬“忠君”、“生死有命”，对被压迫人民来说，只是消极的说教，至于为什么社会那么不平等，则缺乏系统的阐述。佛教宣扬“三世轮回”、“因果报应”、“天堂地狱”、“灵魂不灭”等思想，所讲的是人死后能不能成佛的问题。它虚构的“天国”虽然是假的，但被压迫人民群众要求摆脱现实苦难的愿望却是真的。佛教把现实生活中的苦难、幸福讲得无足轻重，要人们甘心忍受苦难以便到天国得到充分补偿。这就是要劳动人民安贫守贱，放弃斗争

由于佛教能麻痹被压迫人民的意志，起着为人间谬误辩护的作用，所以受到统治者的重视和提倡。传入中国的印度佛教有两大系统:一是小乘(早期佛教)，注重戒律和禅定;一是大乘(后期佛教)，即以《般若经》为中心的大乘空宗学说。由于当时学术思想的主流是玄学，佛教的《般若经》的空宗学说也被玄学化。许多佛学家都籍老庄学说阐述佛教理论。玄学和佛教逐渐融合，出现了更加精致的唯心主义思想体系。般若学在它的传播过程中，由于各家对《般若经》的解释不同，出现了大同小异的各种宗派，即所谓“六家七宗”。其中最主要的是以道安、慧远为代表的“本无宗”。

道安(312-385)是东晋十六国时期最博学的佛教学者和最重要的佛教活动家。俗姓卫，常山扶柳(河北衡水县西南)人。12岁出家，由于形貌短陋，不为其师重视，驱至田舍劳动。后知其诵经能过目不忘，让其外出游学。24岁至邺，师事名僧佛图澄(232-348)，佛图澄能背诵数百万字经卷，精通教义，深得后赵石勒敬重。佛图澄死后，道安开始独立的传教活动，先在河北、山西、河南立寺山居，后赵覆灭，他到了襄阳，在那里研讲般若学、整理经籍达巧年。公元379年，前秦苻丕攻下襄阳，道安被俘到长安，为符坚所尊信，在那里继续讲经和翻译活动。道安一生致力于整理佛经、传播佛教哲学，其弟子遍及大江南北。他对佛教所作的解释，和当时玄学中何晏、王弼一派的贵无学说十分接近。他宣扬一切皆空，认为本体是空无，现象世界也是不存在的，是假象，“象非真象”、“虽象而非象”。所以说:“无在万化之前，空为众形之始”。

即天地万物的“有”是从“无”产生的。这种理论与玄学的世界本源是“无”的唯心主义理论相似，所以很容易与玄学合流，为门阀士族所接受和传播。道安是从各方面谋求佛教在中国独立的第一人，从此佛教在当时的思想领域以独立的姿态流行于中国。慧远(334一416)是道安的弟子，年轻时即“博综六经，尤善老、庄”。他常住在庐山，三十年聚徒讲经，撰著文章，结交达官贵人，对江南佛教的传播起着重要的作用。慧远对道安的本无学说作了详尽的阐述，他发挥了佛教因果报应学说，认为“恶积而天殃自至，罪成而地狱斯罚”。就是说，人们在世界上作的“业’(思想、言论、行动)的影响是有前后内在联系的;今世做了好事来世就得好报，做了恶事就得恶报。要人人检点自己言行，从而消除不满现实、反抗压迫的意志。

他又以为只要念佛持禅，不出家也能成佛。这些理论都十分有利于巩固封建统治，佛教和政治进一步结合起来，有了更大的发展。慧远成了南方佛教界领袖。继六家七宗之后，后秦名僧鸠摩罗什(344一413)进一步推动了般若学的发展。他在长安翻译了大量佛经，系统地介绍了大乘空宗学说，是中国四大佛经翻译家之一(另三人为真蹄、玄类、不空)。他的弟子僧肇(384一414)是东晋重要的佛教理论家。是“什门四哲”之一，主张一切虚无，没有实体，代表作为《肇论》。另一弟子竺道生提出了“一阐提人皆得成佛”。“一阐提人”是指善性尽灭、不可救药的人。竺道生的“顿悟成佛”的理论受到了统治阶级的欢迎。其学说为禅宗思想渊源之一。

佛教的发展也曾引起统治阶级内部的冲突，即政教冲突。这种冲突在东晋南朝表现为思想上的矛盾，如僧侣该不该向皇帝拜礼等问题。在北朝则表现为两次灭佛斗争。一次是北魏太武帝太平真君七年(446)的灭佛，一次是北周武帝建德三年(574)的灭佛。太武帝曾坑杀和尚、烧毁经像，周武帝则只是强迫数百万僧侣还俗，没收寺院财产。灭佛是由于寺院在土地和劳动力上与朝廷发生了矛盾。由于佛教毕竟能为统治阶级服务，所以两次灭佛以后，佛教又很快恢复发展起来。